Meningiti subacute o croniche – Sequenziamento ‘NGS metagenomico’ liquor aiuta a identificare agenti infettivi
“Nei pazienti con meningite subacuta o cronica il sequenziamento di prossima generazione (next-generation sequencing [NGS]) metagenomico del liquido cerebrospinale (CSF) può essere utilizzato per aiutare la diagnosi. Lo evidenzia, con una serie di casi, un articolo pubblicato online su “JAMA Neurology”, nel quale l’impiego di un algoritmo di punteggio ha notevolmente semplificato l’interpretazione dei dati NGS di pazienti con una vasta gamma di cause infettive di difficile identificazione
«L’identificazione delle cause infettive di meningite subacuta o cronica può essere una sfida per il clinico» premettono gli autori, guidati da Michael R. Wilson, dell’UCSF (University of California, San Francisco) Weill Institute for Neurosciences, San Francisco (USA). Dunque «sono necessari approcci diagnostici avanzati e privi di errori sistematici (bias)».
L’obiettivo degli autori, in questo articolo, è stato quello di presentare una serie di casi di pazienti con meningite subacuta o cronica diagnosticamente impegnativa utilizzando l’NGS metagenomico (mNGS) del CSF supportato da un profilo statistico generato da mNGS di campioni di controllo provenienti dall’ambiente e da pazienti non infetti.
La metagenomica – si ricorda – è un approccio basato sull’utilizzo di tecniche genomiche moderne per lo studio di comunità microbiche direttamente nel loro ambiente naturale, evitando così il problema del prelevamento e della coltivazione in laboratorio.
Sette partecipanti con sospette condizioni neuroinfiammatorie
«In questa serie di casi, i dati mNGS ottenuti dal CSF di 94 pazienti con disturbi neuroinfiammatori non infettivi e da un database di 24 campioni di controllo di acqua e di reagente sono stati utilizzati per sviluppare e implementare una metrica con punteggio ponderato in base agli z-score a livello di specie e di genere per gli allineamenti sia di nucleotide sia di proteina per prioritizzare e classificare i risultati dell’mNGS» spiegano gli autori.
L’RNA totale è stato estratto per l’mNGS dal CSF di 7 partecipanti con meningite subacuta o cronica che sono stati reclutati tra settembre 2013 e marzo 2017 come parte di uno studio multicentrico di scoperta di patogeni mNGS tra pazienti con sospette condizioni neuroinfiammatorie. «Le infezioni neurologiche identificate mediante mNGS in questi 7 partecipanti hanno rappresentato una vasta gamma di agenti patogeni» affermano Wilson e colleghi.
I pazienti sono stati indirizzati dalla University of California, dal San Francisco Medical Center (n = 2), dal Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Center (n = 2), dalla Cleveland Clinic (n = 1), dalla University of Washington (n = 1) e dal Kaiser Permanente (n = 1). «Uno z-score ponderato è stato utilizzato per filtrare i contaminanti ambientali e facilitare un’analisi e un triage efficienti dei dati» aggiungono i ricercatori…”
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Fonte: “Meningiti subacute o croniche, l’NGS metagenomico del liquor aiuta a identificare gli agenti infettivi”, PHARMASTAR
